আরজি করে কাণ্ডের পর তাঁর মুখ খোলা নিয়ে বেজায় চটেছিল দল। তার পর থেকেই দলের সঙ্গে সম্পর্ক খুব একটা স্বাভাবিক ছিল না। এবার শান্তনু সেনের নিরাপত্তা প্রত্যাহার করে নিল রাজ্য সরকার। ২০১৮ সাল থেকে ২ জন নিরাপত্তারক্ষী পেতেন তৃণমূল নেতা ও প্রাক্তন সাংসদ শান্তনু সেন। কেন শান্তনুর নিরাপত্তা প্রত্যাহার করা হল তা নিয়ে তুঙ্গে জল্পনা। ২০১৮ সালে থেকে ২ জন নিরাপত্তারক্ষী পেতেন শান্তনু সেন। সেইসময় তিনি সাংসদ ছিলেন। বর্তমান তাঁর রাজ্যসভার সাংসদের মেয়াদ শেষ হয়েছে। তার পরেও তাঁর নিরাপত্তা রক্ষী ছিল। হঠাত্ দেখা যাচ্ছে তাঁর দুই পিএসওকে তুলে নিয়েছে রাজ্য সরকার। রাজনৈতিক মহলে জল্পনা, আরজিকরের ঘটনার পর শান্তনু সেনের মন্তব্যের জেরে তাঁর উপরে প্রবল ক্ষুব্ধ দল ও দলনেত্রী মমতা বন্দ্যোপাধ্যায়। আরজি করের তরুণী চিকিত্সকের মৃত্যু নিয়ে তিনি প্রকাশ্য মুখ খুলেছিলেন। তাতে প্রবল বেগ পেতে হয়েছে দলকে। আরজি করের তত্কালীন অধ্যক্ষ সন্দীপ ঘোষের বিরুদ্ধে প্রকাশ্যে মুখ খুলেছিলেন শান্তনু। আরজি করের পঠন পাঠন থেকে শুরু করে রাজ্যের স্বাস্থ্য আধিকারিকদের একাংশের বিরুদ্ধে সরব হয়েছিলেন শান্তনু সেন। পরীক্ষা ব্যবস্থা নিয়ে প্রকাশ্য সরব হয়েছিলেন। আরজি কর কাণ্ডের জেরে গণ আন্দোলনকে প্রকাশ্যে সমর্থনও করেছিলেন। প্রকাশ্যে সমালোচনায় করায় প্রথমে তৃণমূলের মুখপাত্রের পদ থেকে শান্তনুকে সরিয়ে দেওয়া হয়। রাজ্য মেডিক্যাল কাউন্সিল থেকে সরকারি প্রতিনিধি শান্তনু সেনকে সরাতে স্বাস্থ্যসচিবকে চিঠি দেন রাজ্য মেডিক্যাল কাউন্সিলের সভাপতি তৃণমূলের বিধায়ক ও চিকিৎসক সুদীপ্ত রায়। পাল্টা স্বাস্থ্যসচিবকে চিঠি লেখেন শান্তনু। তাঁর স্ত্রী কাকলি সেনকে সরিয়ে দেওয়া হয় কলকাতা পুরসভার কাউন্সিলরদের হোয়াটসঅ্যাপ গ্রুপ থেকে। এরকম এক পরিস্থিতিতে তাঁর ২ নিরাপত্তারক্ষীকে সরিয়ে নেওয়া হল।